De kosten van CertiQ worden gedragen door de deelnemers aan het systeem. Dat zijn de producenten, handelaren en aggregators. CertiQ werkt op kostendekkende basis. Tekorten en overschotten uit een jaar worden in de tarieven van volgende jaren verwerkt. De tarieven worden jaarlijks vastgesteld door de directie van TenneT, na consultatie van de Deelnemersraad van CertiQ. 

Overzicht tarieven

Producent
De inschrijvingskosten en het jaarlijkse lidmaatschap zijn nihil voor producenten met een SDE-beschikking op grond van:
- artikel 9, eerste lid, van de Regeling aanwijzing categorieën duurzame energieproductie 2008; of
- artikel 8, eerste lid, onderdeel a, van de Regeling aanwijzing categorieën duurzame energieproductie 2009.

In de praktijk zijn dit alle producenten die een SDE-beschikking hebben voor kleinschalige elektriciteitsopwek met behulp van zonnepanelen. 

Voor alle andere producenten bedragen zowel de inschrijvingskosten als het jaarlijkse lidmaatschap € 25,- excl. BTW per installatie. De hoogte van het jaarlijkse lidmaatschap wordt niet aangepast als een installatie slechts een gedeelte van een kalenderjaar ingeschreven staat.

Aggregator
De tarieven voor een aggregator zijn als volgt samengesteld: 

De inschrijvingskosten bedragen € 750,- per account. Het jaarlijkse lidmaatschap bedraagt eveneens € 750,-. 
Indien aan het eind van het kalenderjaar meer dan 50.000 MWh aanmaak, handel en verkoop inclusief im-en export heeft plaatsgevonden via het account wordt er een aanvullend tarief van € 1750,- in rekening gebracht.   

Handelaar
De tarieven voor een handelaar zijn als volgt samengesteld: 

De inschrijvingskosten bedragen € 750,- per account.Het jaarlijkse lidmaatschap bedraagt eveneens € 750,- Indien aan het eind van het kalenderjaar meer dan 50.000 MWh aanmaak, handel en verkoop inclusief im-en export heeft plaatsgevonden via het account wordt er een aanvullend tarief van € 1750,- in rekening gebracht.         

Hieronder volgt een overzicht van de kosten per MWh voor de handel in certificaten: 

Overzicht tarieven voorgaande jaren